根據(jù)《國家稅務總局關于紅字增值稅發(fā)票開具有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第47號），需要開具紅字增值稅專用發(fā)票的情況可以歸納為三種：

（1）購買方認證相符后，發(fā)生銷貨退回、開票有誤、應稅服務終止等情形，但不符合發(fā)票作廢條件，或者因銷貨部分退回及發(fā)生銷售折讓需要開具紅字發(fā)票的；

（2）購買方取得專用發(fā)票未用于申報抵扣，但發(fā)票聯(lián)或抵扣聯(lián)無法退回的；

（3）銷售方開具專用發(fā)票尚未交付購買方，以及購買方未用于申報抵扣并將發(fā)票聯(lián)及抵扣聯(lián)退回的。

其中，第一和第二種情況由購買方申請紅字信息表，第三種情況由銷售方申請紅字信息表。

紅字發(fā)票的申請流程分為四步：紅字信息表填開、上傳信息表至稅務局端系統(tǒng)、下載生成編號的信息表、銷售方開具負數(shù)發(fā)票。納稅人可以通過金稅盤或稅控盤兩種開票系統(tǒng)進行申請操作。

根據(jù)《增值稅發(fā)票開具指南》，具體流程為：

1.購買方取得增值稅專用發(fā)票已用于申報抵扣的，購買方可在新系統(tǒng)中填開并上傳《開具紅字增值稅專用發(fā)票信息表》(以下簡稱《信息表》)，在填開《信息表》時不填寫相對應的藍字增值稅專用發(fā)票信息，應暫依《信息表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，待取得銷售方開具的紅字增值稅專用發(fā)票后，與《信息表》一并作為記賬憑證。

購買方取得增值稅專用發(fā)票未用于申報抵扣、但發(fā)票聯(lián)或抵扣聯(lián)無法退回的，購買方填開《信息表》時應填寫相對應的藍字增值稅專用發(fā)票信息。

銷售方開具增值稅專用發(fā)票尚未交付購買方，以及購買方未用于申報抵扣并將發(fā)票聯(lián)及抵扣聯(lián)退回的，銷售方可在新系統(tǒng)中填開并上傳《信息表》。銷售方填開《信息表》時應填寫相對應的藍字增值稅專用發(fā)票信息。

2.主管稅務機關通過網(wǎng)絡接收納稅人上傳的《信息表》，系統(tǒng)自動校驗通過后，生成帶有“紅字發(fā)票信息表編號”的《信息表》，并將信息同步至納稅人端系統(tǒng)中。

3.銷售方憑稅務機關系統(tǒng)校驗通過的《信息表》開具紅字增值稅專用發(fā)票，在新系統(tǒng)中以銷項負數(shù)開具。紅字增值稅專用發(fā)票應與《信息表》一一對應。

4.納稅人也可憑《信息表》電子信息或紙質資料到稅務機關對《信息表》內容進行系統(tǒng)校驗。

信息表上傳不成功可能有以下幾種原因：

(1)在上傳紅字信息表時提示藍字發(fā)票有認證記錄，不能上傳

事實上，系統(tǒng)里有認證記錄就說明該張發(fā)票已經被購買方認證了，應該由購買方申請紅字信息表，然后將審核通過并生成了編號的紅字信息表交于銷貨方，由銷貨方開具負數(shù)發(fā)票。

(2)藍字發(fā)票不是本月或上月開具的，不能上傳

銷貨方在開具紅字發(fā)票信息選擇時勾選了“因開票有誤等原因尚未交付的”。只有本月或上月開具的、尚未交付購買方的發(fā)票，在申請紅字信息表時才能選擇這一項。不屬于這個情況的，要勾選“因開票有誤買方拒收的”才能完成上傳。

(3)紅字信息表金額大于藍字發(fā)票金額

出現(xiàn)這個提示時，首先要核實信息表的金額是否準確，若無錯誤，則是因為對同一張信息表重復上傳。

(1)信息表開具錯誤，負數(shù)發(fā)票開具正確，導致負數(shù)發(fā)票開具與信息表不對應。若負數(shù)發(fā)票與信息表不對應，稅務端系統(tǒng)會提示核銷不通過，企業(yè)無法進行正常申報。這種情況下需要提請稅務機關進行信息表修正，將錯誤的信息表編號修正為正確的編號，使得企業(yè)可以正常申報。

(2)紅字信息表上傳成功后發(fā)現(xiàn)錯誤，需要修改或撤銷的。填錯的信息表未上傳時，可直接在開票系統(tǒng)中作廢；一旦上傳成功，納稅人端便不能修改或撤銷。應憑紙質的《開具紅字增值稅專用發(fā)票信息表》（加蓋公章）和《作廢紅字發(fā)票信息表申請表》（加蓋公章）及經辦人身份證原件到辦稅服務廳辦理信息表的撤銷。

(3)負數(shù)發(fā)票開具錯誤，但已經不能作廢的。負數(shù)發(fā)票開具錯誤不能再申請紅字發(fā)票，因此若發(fā)現(xiàn)錯誤應及時作廢，并開具正確發(fā)票。若開錯的負數(shù)發(fā)票已經不能作廢，就需要向稅務機關說明情況，請稅務機關提出處理意見。

稅務機關為小規(guī)模納稅人代開專用發(fā)票，需要開具紅字專用發(fā)票的，按照一般納稅人開具紅字專用發(fā)票的方法處理。

納稅人需要開具紅字增值稅普通發(fā)票的，可以在所對應的藍字發(fā)票金額范圍內開具多份紅字發(fā)票。紅字機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票需與原藍字機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票一一對應。

按照《國家稅務總局關于納稅人認定或登記為一般納稅人前進項稅額抵扣問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第59號）的規(guī)定，需要開具紅字專用發(fā)票的，按照本公告規(guī)定執(zhí)行。