兩稅合并之后，企業(yè)所得稅預(yù)繳方法也有一些變化，現(xiàn)對預(yù)繳企業(yè)所得稅時(shí)的常見問題進(jìn)行總結(jié)分析。

1． 哪些機(jī)構(gòu)需就地預(yù)繳企業(yè)所得稅

境內(nèi)企業(yè)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計(jì)劃單列市）設(shè)立分支機(jī)構(gòu)的，根據(jù)《關(guān)于印發(fā)＜跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理暫行辦法＞的通知》（財(cái)預(yù)[2008]10號）第一條、《關(guān)于印發(fā)＜跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法＞的通知》（國稅發(fā)[2008]28號）第九條規(guī)定，只有具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的二級分支機(jī)構(gòu)需要就地預(yù)繳企業(yè)所得稅，其他不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能、沒有生產(chǎn)經(jīng)營收入的的二級分支機(jī)構(gòu)，以及三級分支機(jī)構(gòu)，無需就地預(yù)繳企業(yè)所得稅。

至于如何界定“生產(chǎn)經(jīng)營”、如何判定二級分支機(jī)構(gòu)，可參考《關(guān)于外商投資的公司審批登記管理法律適用若干問題的執(zhí)行意見》和《關(guān)于印發(fā) < 跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法 > 的通知》（國稅發(fā) [2008]28 號）第一條的規(guī)定。

2． 預(yù)繳時(shí)能否彌補(bǔ)以前年度虧損

《關(guān)于印發(fā)＜中華人民共和國企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報(bào)表＞等報(bào)表的通知》（國稅發(fā)[2008]44號）啟用的新企業(yè)所得稅預(yù)繳納稅申報(bào)表取消了“以前年度虧損”這一項(xiàng)目，但后來《關(guān)于填報(bào)企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報(bào)表有關(guān)問題的通知 》（國稅函 [2008]635 號）第一條明確企業(yè)按實(shí)際會計(jì)利潤預(yù)繳企業(yè)所得稅時(shí)可以扣除以前年度虧損，所說虧損是指以前年度5年內(nèi)的虧損。

根據(jù)《企業(yè)所得稅法》第十八條規(guī)定，企業(yè)納稅年度發(fā)生的虧損，準(zhǔn)予向以后年度結(jié)轉(zhuǎn)，用以后年度的所得彌補(bǔ)，但結(jié)轉(zhuǎn)年限最長不得超過五年。

因此，企業(yè)在填列預(yù)繳申報(bào)表時(shí)，第2行的“ 營業(yè)收入 ”第3行的“ 營業(yè)成本 ”可直接填報(bào)會計(jì)制度核算的營業(yè)收入、營業(yè)成本，但填報(bào)第4行“ 實(shí)際利潤額 ” 同時(shí)，需注意扣減以前年度待彌補(bǔ)虧損，以及不征稅收入、免稅收入。

3． 預(yù)繳稅款少于應(yīng)繳稅款不屬于偷稅

企業(yè)是按實(shí)際會計(jì)利潤預(yù)繳企業(yè)所得稅，而會計(jì)核算和稅務(wù)規(guī)定存在著差異，當(dāng)期的實(shí)際利潤有可能小于當(dāng)期的應(yīng)納稅所得額，致使按月（季），或者上一年度應(yīng)納稅所得額的一定比例、其他預(yù)繳方法預(yù)繳的企業(yè)所得稅小于當(dāng)期應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款，這屬于正常情況，并非企業(yè)故意進(jìn)行虛假申報(bào)以少繳稅款，根據(jù)《關(guān)于在企業(yè)所得稅預(yù)繳中對偷稅行為如何認(rèn)定問題的復(fù)函》(國稅函發(fā)[1996]008號)規(guī)定，不屬于偷稅行為。

需注意的是，根據(jù)《關(guān)于加強(qiáng)企業(yè)所得稅預(yù)繳工作的通知》（國稅函[2009]34號）第三條規(guī)定，全年企業(yè)所得稅預(yù)繳稅款占企業(yè)所得稅應(yīng)繳稅款比例明顯偏低的（低于70%），稅務(wù)機(jī)關(guān)可以按規(guī)定調(diào)整預(yù)繳方法或預(yù)繳稅額。

4． 已申報(bào)但未預(yù)繳需繳納滯納金

企業(yè)按照規(guī)定進(jìn)行預(yù)交企業(yè)所得稅納稅申報(bào)之后，沒有在月份或者季度終了之日起十五日內(nèi)將稅款繳納入庫的，根據(jù)《關(guān)于企業(yè)未按期預(yù)繳所得稅加收滯納金問題的批復(fù)》(國稅函發(fā)[1995]593號)、《稅收征收管理法》第六十四條規(guī)定，除了限期繳納稅款之外，還需繳納滯納金。