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根據(jù)《增值稅暫行條例》第二十二條的規(guī)定：

固定業(yè)戶應當向其機構(gòu)所在地的主管稅務機關(guān)申報納稅?？倷C構(gòu)和分支機構(gòu)不在同一縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關(guān)申報納稅；經(jīng)國務院財政、稅務主管部門或者其授權(quán)的財政、稅務機關(guān)批準，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務機關(guān)申報納稅。

因此，總公司是一般納稅人分公司能不能是小規(guī)模納稅人主要分為兩種情況：

一、一般情況（總、分公司分別納稅）

如果總分公司分別向各自所在地主管稅務機關(guān)申報納稅，則總公司和分公司不屬于增值稅的同一納稅人，而是兩個不同的納稅人。在這種情況下，要分別考慮。如果總公司和分公司都沒有主動申請成為增值稅一般納稅人，看總公司和分公司過去連續(xù)12個月的經(jīng)營期內(nèi)累計應交增值稅銷售額是否超過小規(guī)模納稅人標準。如果分公司沒有超過，那就可以是小規(guī)模納稅人。

二、特殊情況（總、分公司匯總納稅，需要稅務機關(guān)批準）

如果總分公司經(jīng)相關(guān)機構(gòu)批準后在總機構(gòu)所在地主管稅務機關(guān)申報納稅，此時總分公司屬于同一納稅人。如果總分公司在過去連續(xù)12個月的經(jīng)營期內(nèi)累計應交增值稅銷售額超過小規(guī)模納稅人標準，或雖然未超過小規(guī)模納稅人標準但總公司主動向主管稅務機關(guān)申請成為一般納稅人的，分公司也要按增值稅一般納稅人繳納增值稅。

三、結(jié)論

如果總公司和分公司是分別獨立申報納稅的，在登記時，只要符合小規(guī)模納稅人標準的分公司可以登記為小規(guī)模納稅人，跟總公司的納稅人身份是一般納稅人還是小規(guī)模納稅人沒有關(guān)系，簡單的說就是分公司可以成為小規(guī)模納稅人，但前提是獨立核算，獨立稅務登記；獨立納稅，按稅務機關(guān)核定為準。

舉例：

有一個老板說，業(yè)務都在分公司，總公司只是處理一些費用開支，總公司本身的收入并沒有達到一般納稅人的認定標準，但是，總分機構(gòu)匯總申報后的收入超過了一般納稅人的認定標準，那么這個時候總公司還可以是小規(guī)模納稅人嗎？

首先，增值稅和企業(yè)所得稅是不同的稅種，應分別參照各自的稅法規(guī)定處理。企業(yè)所得稅法第50條規(guī)定，居民企業(yè)在境內(nèi)設立的沒有法人資格的分支機構(gòu)，應當匯總計算并繳納企業(yè)所得稅。

增值稅暫行條例第22條規(guī)定，固定業(yè)戶應向機構(gòu)所在地主管稅務機關(guān)申報納稅，總機構(gòu)和分支機構(gòu)不在同一縣市的，應分別向機構(gòu)所在地稅務機關(guān)申報納稅。

所以，分公司沒有法人資格，一般納企業(yè)所得稅會和總公司匯總納稅，而增值稅方面，總、分公司分別是增值稅的獨立納稅義務人，總、分公司應按照各自實際的銷售額判斷是否達到了一般納稅的標準，如果分公司達到了，總公司沒有達到，那么總公司可以按照小規(guī)模納稅人繳納增值稅。