1、應稅服務項目選擇帶來的風險

對于物流企業(yè)所提供的交通運輸服務[ 根據《營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》附表中的銷售服務、無形資產、不動產注釋：交通運輸服務，是指利用運輸工具將貨物或者旅客送達目的地，使其空間位置得到轉移的業(yè)務活動。包括陸路運輸服務、水路運輸服務、航空運輸服務和管道運輸服務。]，應按“交通運輸服務”項目開具發(fā)票，適用9%的稅率；

對于物流企業(yè)所提供的無運輸工具承運業(yè)務[ 根據《營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》附表中的銷售服務、無形資產、不動產注釋：無運輸工具承運業(yè)務，是指經營者以承運人身份與托運人簽訂運輸服務合同，收取運費并承擔承運人責任，然后委托實際承運人完成運輸服務的經營活動。]，應按“交通運輸服務”項目開具發(fā)票，適用9%的稅率；

對于物流企業(yè)所提供的裝卸搬運服務、倉儲服務、收派服務，按“物流輔助服務”項目開具發(fā)票，采用一般計稅方法的，適用6%的稅率，采用簡易計稅方法的，適用3%的征收率。

物流企業(yè)提供應稅服務后未按規(guī)定項目開具發(fā)票，可能造成從低適用稅率或征收率，以此少繳增值稅。

2.應稅收入金額核算問題

《營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》第三十九條規(guī)定：“納稅人兼營銷售貨物、勞務、服務、無形資產或者不動產，適用不同稅率或者征收率的，應當分別核算適用不同稅率或者征收率的銷售額；未分別核算的，從高適用稅率?！惫剩锪髌髽I(yè)提供不同應稅服務適用不同稅率或者征收率的，應當分別核算，未分別核算的，從高適用稅率。

物流企業(yè)同時為客戶提供交通運輸服務與裝卸搬運服務、倉儲服務、收派服務，其銷售收入金額未分別核算，合并計算后從低適用稅率或征收率，或是其銷售收入金額未在多筆應稅服務間作公允分配，致使部分銷售額從低適用稅率或征收率，以此少繳增值稅。

3.應稅收入不入賬，不開票

《中華人民共和國發(fā)票管理辦法實施細則》第二十六條規(guī)定：“填開發(fā)票的單位和個人必須在發(fā)生經營業(yè)務確認營業(yè)收入時開具發(fā)票。未發(fā)生經營業(yè)務一律不準開具發(fā)票?！惫?，物流企業(yè)在發(fā)生經營業(yè)務后，對于滿足收入確認條件的，應當及時確認收入，并開具發(fā)票。

實踐中，物流企業(yè)出于少繳稅款的考慮，可能會與客戶選擇賬外結算，以致出現“假賬”“兩本賬”情況。

4.業(yè)務憑證與發(fā)票備注信息不一致

《國家稅務總局關于停止使用貨物運輸業(yè)增值稅專用發(fā)票有關問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第99號）第一條規(guī)定：“增值稅一般納稅人提供貨物運輸服務，使用增值稅專用發(fā)票和增值稅普通發(fā)票，開具發(fā)票時應將起運地、到達地、車種車號以及運輸貨物信息等內容填寫在發(fā)票備注欄中，如內容較多可另附清單?！惫?，物流企業(yè)在提供貨物運輸服務并開具發(fā)票時，應按運輸合同、運單等業(yè)務憑證的約定，將起運地、到達地、車種車號以及運輸貨物信息等內容填寫在發(fā)票備注欄。

物流企業(yè)如未予備注相關信息，會導致受票方無法憑票抵扣進項稅額。

5.虛開增值稅專用發(fā)票

《中華人民共和國發(fā)票管理辦法》第二十二條規(guī)定：“任何單位和個人不得有下列虛開發(fā)票行為：（一）為他人、為自己開具與實際經營業(yè)務情況不符的發(fā)票；（二）讓他人為自己開具與實際經營業(yè)務情況不符的發(fā)票；（三）介紹他人開具與實際經營業(yè)務情況不符的發(fā)票?！?/p>

物流企業(yè)未提供服務而開具發(fā)票，或是開具與實際經營業(yè)務情況不符的發(fā)票，屬于虛開發(fā)票的違法行為，情節(jié)嚴重的，還可能構成犯罪的，需依法追究刑事責任。