按照《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》（國家稅務總局公告2012年第57號，下稱57號文）的規(guī)定，已知跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市）總分機構企業(yè)實行“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調(diào)庫”的企業(yè)所得稅征收管理辦法，除了一些特殊領域的大型央企和金融企業(yè)外，總分機構的企業(yè)所得稅征收管理辦法均適用57號文的規(guī)定。

那么在適用57號文的規(guī)定時，有哪些常見的問題？

組織形式的稅負比較

預計A公司來年盈利1000萬元，新設公司預計虧損400萬元，若A公司計劃于同年新設組織機構，現(xiàn)有子公司和分公司兩種選擇，從節(jié)稅角度應作何種選擇？

（1）成立分公司，A公司需要繳納企業(yè)所得稅=（1000-400）*25%=150萬元；

（2）成立子公司，A公司需要繳納企業(yè)所得稅=1000*25%=250萬元，子公司的虧損只能由其以后年度的利潤彌補。

結論：當預計分支機構初期發(fā)生虧損時，應納稅所得額小于0，采取分公司形式時，綜合稅負較低。

總分公司稅額分配方式

A公司業(yè)務發(fā)展迅速，分別在甲、乙、丙三省分別設立三個分公司，預計今年應納所得稅額600萬元，三個分公司應如何繳稅。

總機構（A公司）分攤稅款=匯總納稅企業(yè)當期應納所得稅額*50%=600*50%=300萬元

所有分支機構（含甲省分公司、乙省分公司、丙省分公司）分攤稅款總額=匯總納稅企業(yè)當期應納所得稅額*50%=600*50%=300萬元

按照57號文第十五條的規(guī)定，總機構應按照上年度分支機構的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例，三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。

則甲分公司分攤比例=（該分支機構營業(yè)收入/各分支機構營業(yè)收入之和）*0.35+（該分支機構職工薪酬/各分支機構職工薪酬之和）*0.35+（該分支機構資產(chǎn)總額/各分支機構資產(chǎn)總額之和）*0.30=（100/580）*0.35+（10/67）*0.35+（55/260）*0.30=17.60%

同樣的，乙分公司=33.78%，丙分公司=48.62%

則甲分公司繳納的企業(yè)所得稅=300*17.60%=52.8萬元，乙分公司繳納的企業(yè)所得稅=300*33.78%=101.34萬元，丙分公司繳納的企業(yè)所得稅=300*48.62%=145.86萬元。

哪些分支機構不就地分攤繳納企業(yè)所得稅？

按照57號文第五條的規(guī)定，以下分支機構不就地分攤繳納企業(yè)所得稅：

（一）不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且在當?shù)夭焕U納增值稅、營業(yè)稅的產(chǎn)品售后服務、內(nèi)部研發(fā)、倉儲等匯總納稅企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。（二）上年度認定為小型微利企業(yè)的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。（三）新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。（四）當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日所屬企業(yè)所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。（五）匯總納稅企業(yè)在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。

如果A公司（甲?。?022年跨地區(qū)設立B分支機構（乙?。?，那么按照第五條第三款的規(guī)定，新設立的B分支機構，在設立當年不在乙省就地分攤繳納企業(yè)所得稅，由A公司在甲省統(tǒng)一繳納企業(yè)所得稅。如果A公司在甲省享有稅收返還等優(yōu)惠政策，在當?shù)胤刀愂且罁?jù)繳納的基礎來確定的，那么綜合來說，是對企業(yè)最有利的。

總公司申請認定為高新技術企業(yè)分公司是否能夠享受優(yōu)惠稅率？

根據(jù)《高新技術企業(yè)認定管理辦法》第二條的規(guī)定，高新技術企業(yè)是指在《國家重點支持的高新技術領域》內(nèi)，持續(xù)進行研究開發(fā)與技術成果轉化，形成企業(yè)核心自主知識產(chǎn)權，并以此為基礎開展經(jīng)營活動，在中國境內(nèi)（不包括港、澳、臺地區(qū)）注冊的居民企業(yè)。

《企業(yè)所得稅法》第五十條第二款規(guī)定，居民企業(yè)在中國境內(nèi)設立不具有法人資格的營業(yè)機構的，應當匯總計算并繳納企業(yè)所得稅。由此可知，我國企業(yè)所得稅法實行得是法人所得稅制。高新技術企業(yè)是以居民企業(yè)的身份申報的，而分公司不具有獨立法人資格，總分公司屬于是同一居民企業(yè)，同時，按照57號文的規(guī)定，總分機構繳納企業(yè)所得稅應“統(tǒng)一計算”，由總機構匯總計算的。因此高新技術企業(yè)15%的優(yōu)惠稅率適用總公司和分公司，分公司可以以同一居民企業(yè)的名義，享受15%的優(yōu)惠稅率。

總公司在西部大開發(fā)地區(qū)分公司能否享受優(yōu)惠稅率？

若分公司不在西部大開發(fā)地區(qū)，按照57號文第十八條的規(guī)定，總分公司處于不同稅率的，先由總機構統(tǒng)一計算全部應納稅所得額，然后按照分攤比例計算劃分不同稅率地區(qū)機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出匯總納稅企業(yè)的應納所得稅總額，最后按照分攤比例，向總機構和分支機構分攤就地繳納的企業(yè)所得稅款。

計算步驟為：

（1）全部應納稅所得額=1000+200=1200萬元

（2）總機構分攤稅款=匯總納稅企業(yè)當期應納所得稅額*50%=1200*50%=600萬元

所有分支機構分攤稅款總額=匯總納稅企業(yè)當期應納所得稅額*50%=1200*50%=600萬元

（3）匯總納稅企業(yè)的應納所得稅總額=600*15%+600*25%=240萬元

（4）A公司應納稅所得額=240*50%=120萬元

甲分公司應納稅所得額=240*50%=120萬元

如果A公司有多個分公司，則仍是按照營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額所對應的權重0.35、0.35、0.30，在120萬元的應納稅額范圍內(nèi)，分別計算多個分公司分別需要繳納的應納稅額。