在確定了銷項稅額和進項稅額后，就可以得出實際應納稅額，基本計算公式為：應納稅額＝當期銷項稅額－當期進項稅額。（一）計算應納稅額的時間界定計算應納稅額，在確定時間界限時，應掌握以下有關(guān)規(guī)定：1.銷項稅額的時間界定增值稅納稅人銷售貨物或提供了應稅勞務后，什么時間計算銷項稅額，關(guān)系到當期銷項稅額的大小。關(guān)于銷項稅額的確定時間，總的原則是：銷項稅額的確定不得滯后。稅法對此作了嚴格的規(guī)定，具體確定銷項稅額的時間根據(jù)本章第十二節(jié)關(guān)于納稅義務發(fā)生時間的有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。

2.進項稅額抵扣時限的界定進項稅額是納稅人購進貨物或者接受應稅勞務所支付或負擔的增值稅額，進項稅額的大小，直接影響納稅人的應納稅額的多少。

增值稅專用發(fā)票認證是進項稅額抵扣的前提。增值稅發(fā)票認證是指通過增值稅發(fā)票稅控系統(tǒng)對增值稅發(fā)票所包含的數(shù)據(jù)進行識別、確認。納稅人通過增值稅發(fā)票稅控系統(tǒng)開具發(fā)票時，系統(tǒng)會自動將發(fā)票上的開票日期、發(fā)票號碼、發(fā)票代碼、購買方納稅人識別號、銷售方納稅人識別號、金額、稅額等要素，經(jīng)過加密形成防偽電子密文打印在發(fā)票上。認證時，稅務機關(guān)利用掃描儀采集發(fā)票上的密文和明文圖像，或由納稅人自行采集發(fā)票電子信息傳送至稅務機關(guān)，通過認證系統(tǒng)對密文解密還原，再與發(fā)票明文進行比對，比對一致則通過認證。

發(fā)票認證是稅務機關(guān)進行納稅申報管理、出口退稅審核、發(fā)票稽核比對、異常發(fā)票核查以及稅務稽查的重要依據(jù)，在推行“以票控稅”、加強稅收征管中發(fā)揮著重要作用。

納稅人必須在規(guī)定的期限內(nèi)進行認證并申請抵扣進項稅額。進項稅額抵扣時間影響納稅人不同納稅期應納稅額。關(guān)于進項稅額的抵扣時間，總的原則是：進項稅額的抵扣不得提前。稅法對不同扣稅憑證的抵扣時間作了詳細的規(guī)定。

(1）防偽稅控專用發(fā)票進項稅額的抵扣時限增值稅一般納稅人取得20 10 年1 月1 日以后開具的增值稅專用發(fā)票、公路內(nèi)坷貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票（現(xiàn)為貨物運輸業(yè)增值稅專用發(fā)票）和機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票，應在開具之日起180日內(nèi)到稅務機關(guān)辦理認證，并在認證通過的次月申報期內(nèi)，向主管稅務機關(guān)申報抵扣進項稅額。自2013年7月1日起，增值稅一般納稅人進口貨物取得的屬于增值稅扣稅范圍的海關(guān)繳款書，需經(jīng)稅務機關(guān)稽核比對相符后，其增值稅額方能作為進項稅額在銷項稅額中抵扣。

(2）海關(guān)完稅憑證進項稅額的抵扣時限納稅人進口貨物取得的屬于增值稅扣稅范圍的海關(guān)繳款書，應自開具之日起180天內(nèi)向主管稅務機關(guān)報送《海關(guān)完稅憑證抵扣清單》（電子數(shù)據(jù)），申請稽核比對，逾期未申請的法i 其進項稅額不予抵扣。

稅務機關(guān)通過稽核系統(tǒng)將納稅人申請稽核的海關(guān)繳款書數(shù)據(jù)，按日與進口增值稅人庫數(shù)據(jù)進行稽核比對，每個月為一個稽核期。海關(guān)繳款書開具當月申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月、次月及第三個月。海關(guān)繳款書開具次月申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月及次月。海關(guān)繳款書開具次月以后申請稽核的，稽核期為申請稽核的當月?；吮葘Φ慕Y(jié)果分為相符、不符、滯留、缺聯(lián)、重號五種。稅務機關(guān)于每月納稅申報期內(nèi)，向納稅人提供上月稽核比對結(jié)果，納稅人應向主管稅務機關(guān)查詢稽核比對結(jié)果信息。

對稽核比對結(jié)果為相符的海關(guān)繳款書，納稅人應在稅務機關(guān)提供稽核比對結(jié)果的當月稅申報期內(nèi)申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。對于稽核比對結(jié)果為不符、缺聯(lián)的海關(guān)繳款書，納稅人應于產(chǎn)生稽核結(jié)果的180日內(nèi)，持海關(guān)繳款書原件向主管稅務機關(guān)申請數(shù)據(jù)修改或者核對，逾期的其進項稅額不予抵扣。

屬于納稅人數(shù)據(jù)采集錯誤的，數(shù)據(jù)修改后再次進行稽核比對；不屬于數(shù)據(jù)采集錯誤的，納稅人可向主管稅務機關(guān)申請數(shù)據(jù)核對，主管稅務機關(guān)會同海關(guān)進行核查。經(jīng)核查，海關(guān)繳款書票面信息與納稅人實際進口貨物業(yè)務一致的，納稅人應在收到主管稅務機關(guān)書面通知的次月申報期內(nèi)申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。對于稽核比對結(jié)果為重號的海關(guān)繳款書，由主管稅務機關(guān)進行核查。經(jīng)核查，海關(guān)繳款書票面信息與納稅人實際進口貨物業(yè)務一致的，納稅人應在收到稅務機關(guān)書面通知的次月申報期內(nèi)申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。

對于稽核比對結(jié)果為滯留的海關(guān)繳款書，可繼續(xù)參與稽核比對，納稅人無須申請數(shù)據(jù)核對。納稅人應在“應交稅費”科目下設(shè)“待抵扣進項稅額”明細科目，用于核算已申請稽核但尚未取得稽核相符結(jié)果的海關(guān)繳款書進項稅額。納稅人取得海關(guān)繳款書后，應借記“應交稅費一一待抵扣進項稅額”明細科目，貸記相關(guān)科目；稽核比對相符以及核查后允許抵扣的，應借記“應交稅費一一應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅費一一待抵扣進項稅額”科目。經(jīng)核查不得抵扣的進項稅額，紅字借記“應交稅費一一待抵扣進項稅額”，紅字貸記相關(guān)科目。增值稅一般納稅人非因客觀原因未在規(guī)定期限內(nèi)到稅務機關(guān)辦理認證、申報抵扣或者申請稽核比的，其取得的票證不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不得計算進項稅額抵扣。

(3）取消納稅信用A級增值稅一般納稅人增值稅發(fā)票認證的規(guī)定自2016年3月1日起，對納稅信用A級增值稅一般納稅人取消增值稅發(fā)票認證。納稅信用A級增值稅一般納稅人取得銷售方使用增值稅發(fā)票系統(tǒng)升級版開具的增值稅發(fā)票（包括增值稅專用發(fā)票、貨物運輸業(yè)增值稅專用發(fā)票、機動車銷售統(tǒng)一發(fā)票，下同），可以不再進行掃描認證，通過增值稅發(fā)票稅控開票軟件登錄本省增值稅發(fā)票查詢平臺，查詢、選擇用于申報抵扣或者出口退稅的增值稅發(fā)票信息。增值稅發(fā)票查詢平臺的登錄地址由各省國稅局確定并公布。納稅人取得增值稅發(fā)票，通過增值稅發(fā)票查詢平臺未查詢到對應發(fā)票信息的，仍可進行掃描認證。